Journal Article

DZNE-2021-00604

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png A promoter-level mammalian expression atlas.

PMI, F. C. a. t. R. ; CLST (Collaboration Author) ; Forrest, A. R. R. ; Kawaji, H. ; Rehli, M. ; Baillie, J. K. ; de Hoon, M. J. L. ; Haberle, V. ; Lassmann, T. ; Kulakovskiy, I. V. ; Lizio, M. ; Itoh, M. ; Andersson, R. ; Mungall, C. J. ; Meehan, T. F. ; Schmeier, S. ; Bertin, N. ; Jørgensen, M. ; Dimont, E. ; Arner, E. ; Schmidl, C. ; Schaefer, U. ; Medvedeva, Y. A. ; Plessy, C. ; Vitezic, M. ; Severin, J. ; Semple, C. A. ; Ishizu, Y. ; Young, R. S. ; Francescatto, M.Extern* ; Alam, I. ; Albanese, D. ; Altschuler, G. M. ; Arakawa, T. ; Archer, J. A. C. ; Arner, P. ; Babina, M. ; Rennie, S. ; Balwierz, P. J. ; Beckhouse, A. G. ; Pradhan-Bhatt, S. ; Blake, J. A. ; Blumenthal, A. ; Bodega, B. ; Bonetti, A. ; Briggs, J. ; Brombacher, F. ; Burroughs, A. M. ; Califano, A. ; Cannistraci, C. V. ; Carbajo, D. ; Chen, Y. ; Chierici, M. ; Ciani, Y. ; Clevers, H. C. ; Dalla, E. ; Davis, C. A. ; Detmar, M. ; Diehl, A. D. ; Dohi, T. ; Drabløs, F. ; Edge, A. S. B. ; Edinger, M. ; Ekwall, K. ; Endoh, M. ; Enomoto, H. ; Fagiolini, M. ; Fairbairn, L. ; Fang, H. ; Farach-Carson, M. C. ; Faulkner, G. J. ; Favorov, A. V. ; Fisher, M. E. ; Frith, M. C. ; Fujita, R. ; Fukuda, S. ; Furlanello, C. ; Furino, M. ; Furusawa, J.-i. ; Geijtenbeek, T. B. ; Gibson, A. P. ; Gingeras, T. ; Goldowitz, D. ; Gough, J. ; Guhl, S. ; Guler, R. ; Gustincich, S. ; Ha, T. J. ; Hamaguchi, M. ; Hara, M. ; Harbers, M. ; Harshbarger, J. ; Hasegawa, A. ; Hasegawa, Y. ; Hashimoto, T. ; Herlyn, M. ; Hitchens, K. J. ; Ho Sui, S. J. ; Hofmann, O. M. ; Hoof, I. ; Hori, F. ; Huminiecki, L. ; Iida, K. ; Ikawa, T. ; Jankovic, B. R. ; Jia, H. ; Joshi, A. ; Jurman, G. ; Kaczkowski, B. ; Kai, C. ; Kaida, K. ; Kaiho, A. ; Kajiyama, K. ; Kanamori-Katayama, M. ; Kasianov, A. S. ; Kasukawa, T. ; Katayama, S. ; Kato, S. ; Kawaguchi, S. ; Kawamoto, H. ; Kawamura, Y. I. ; Kawashima, T. ; Kempfle, J. S. ; Kenna, T. J. ; Kere, J. ; Khachigian, L. M. ; Kitamura, T. ; Klinken, S. P. ; Knox, A. J. ; Kojima, M. ; Kojima, S. ; Kondo, N. ; Koseki, H. ; Koyasu, S. ; Krampitz, S. ; Kubosaki, A. ; Kwon, A. T. ; Laros, J. F. J. ; Lee, W. ; Lennartsson, A. ; Li, K. ; Lilje, B. ; Lipovich, L. ; Mackay-Sim, A. ; Manabe, R.-i. ; Mar, J. C. ; Marchand, B. ; Mathelier, A. ; Mejhert, N. ; Meynert, A. ; Mizuno, Y. ; de Lima Morais, D. A. ; Morikawa, H. ; Morimoto, M. ; Moro, K. ; Motakis, E. ; Motohashi, H. ; Mummery, C. L. ; Murata, M. ; Nagao-Sato, S. ; Nakachi, Y. ; Nakahara, F. ; Nakamura, T. ; Nakamura, Y. ; Nakazato, K. ; van Nimwegen, E. ; Ninomiya, N. ; Nishiyori, H. ; Noma, S. ; Noma, S. ; Noazaki, T. ; Ogishima, S. ; Ohkura, N. ; Ohimiya, H. ; Ohno, H. ; Ohshima, M. ; Okada-Hatakeyama, M. ; Okazaki, Y. ; Orlando, V. ; Ovchinnikov, D. A. ; Pain, A. ; Passier, R. ; Patrikakis, M. ; Persson, H. ; Piazza, S. ; Prendergast, J. G. D. ; Rackham, O. J. L. ; Ramilowski, J. A. ; Rashid, M. ; Ravasi, T. ; Rizzu, P.Extern* ; Roncador, M. ; Roy, S. ; Rye, M. B. ; Saijyo, E. ; Sajantila, A. ; Saka, A. ; Sakaguchi, S. ; Sakai, M. ; Sato, H. ; Savvi, S. ; Saxena, A. ; Schneider, C. ; Schultes, E. A. ; Schulze-Tanzil, G. G. ; Schwegmann, A. ; Sengstag, T. ; Sheng, G. ; Shimoji, H. ; Shimoni, Y. ; Shin, J. W. ; Simon, C. ; Sugiyama, D. ; Sugiyama, T. ; Suzuki, M. ; Suzuki, N. ; Swoboda, R. K. ; 't Hoen, P. A. C. ; Tagami, M. ; Takahashi, N. ; Takai, J. ; Tanaka, H. ; Tatsukawa, H. ; Tatum, Z. ; Thompson, M. ; Toyodo, H. ; Toyoda, T. ; Valen, E. ; van de Wetering, M. ; van den Berg, L. M. ; Verado, R. ; Vijayan, D. ; Vorontsov, I. E. ; Wasserman, W. W. ; Watanabe, S. ; Wells, C. A. ; Winteringham, L. N. ; Wolvetang, E. ; Wood, E. J. ; Yamaguchi, Y. ; Yamamoto, M. ; Yoneda, M. ; Yonekura, Y. ; Yoshida, S. ; Zabierowski, S. E. ; Zhang, P. G. ; Zhao, X. ; Zucchelli, S. ; Summers, K. M. ; Suzuki, H. ; Daub, C. O. ; Kawai, J. ; Heutink, P.Extern* ; Hide, W. ; Freeman, T. C. ; Lenhard, B. ; Bajic, V. B. ; Taylor, M. S. ; Makeev, V. J. ; Sandelin, A. ; Hume, D. A. ; Carninci, P. ; Hayashizaki, Y.

2014
Nature Publ. Group London [u.a.]

This record in other databases:    

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/nature13182

Abstract: Regulated transcription controls the diversity, developmental pathways and spatial organization of the hundreds of cell types that make up a mammal. Using single-molecule cDNA sequencing, we mapped transcription start sites (TSSs) and their usage in human and mouse primary cells, cell lines and tissues to produce a comprehensive overview of mammalian gene expression across the human body. We find that few genes are truly 'housekeeping', whereas many mammalian promoters are composite entities composed of several closely separated TSSs, with independent cell-type-specific expression profiles. TSSs specific to different cell types evolve at different rates, whereas promoters of broadly expressed genes are the most conserved. Promoter-based expression analysis reveals key transcription factors defining cell states and links them to binding-site motifs. The functions of identified novel transcripts can be predicted by coexpression and sample ontology enrichment analyses. The functional annotation of the mammalian genome 5 (FANTOM5) project provides comprehensive expression profiles and functional annotation of mammalian cell-type-specific transcriptomes with wide applications in biomedical research.

Keyword(s): Animals (MeSH) ; Atlases as Topic (MeSH) ; Cell Line (MeSH) ; Cells, Cultured (MeSH) ; Cluster Analysis (MeSH) ; Conserved Sequence: genetics (MeSH) ; Gene Expression Regulation: genetics (MeSH) ; Gene Regulatory Networks: genetics (MeSH) ; Genes, Essential: genetics (MeSH) ; Genome: genetics (MeSH) ; Humans (MeSH) ; Mice (MeSH) ; Molecular Sequence Annotation (MeSH) ; Open Reading Frames: genetics (MeSH) ; Organ Specificity (MeSH) ; Promoter Regions, Genetic: genetics (MeSH) ; RNA, Messenger: analysis (MeSH) ; RNA, Messenger: genetics (MeSH) ; Transcription Factors: metabolism (MeSH) ; Transcription Initiation Site (MeSH) ; Transcription, Genetic: genetics (MeSH) ; Transcriptome: genetics (MeSH) ; RNA, Messenger ; Transcription Factors

---

---

Database coverage:
; BIOSIS Previews ; Biological Abstracts ; Chemical Reactions ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; Ebsco Academic Search ; Essential Science Indicators ; IF >= 40 ; Index Chemicus ; JCR ; Nationallizenz ; SCOPUS ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record

---