TY  - JOUR
AU  - Andersson, Robin
AU  - Gebhard, Claudia
AU  - Miguel-Escalada, Irene
AU  - Hoof, Ilka
AU  - Bornholdt, Jette
AU  - Boyd, Mette
AU  - Chen, Yun
AU  - Zhao, Xiaobei
AU  - Schmidl, Christian
AU  - Suzuki, Takahiro
AU  - Ntini, Evgenia
AU  - Arner, Erik
AU  - Valen, Eivind
AU  - Li, Kang
AU  - Schwarzfischer, Lucia
AU  - Glatz, Dagmar
AU  - Raithel, Johanna
AU  - Lilje, Berit
AU  - Rapin, Nicolas
AU  - Bagger, Frederik Otzen
AU  - Jørgensen, Mette
AU  - Andersen, Peter Refsing
AU  - Bertin, Nicolas
AU  - Rackham, Owen
AU  - Burroughs, A Maxwell
AU  - Baillie, J Kenneth
AU  - Ishizu, Yuri
AU  - Shimizu, Yuri
AU  - Furuhata, Erina
AU  - Maeda, Shiori
AU  - Negishi, Yutaka
AU  - Mungall, Christopher J
AU  - Meehan, Terrence F
AU  - Lassmann, Timo
AU  - Itoh, Masayoshi
AU  - Kawaji, Hideya
AU  - Kondo, Naoto
AU  - Kawai, Jun
AU  - Lennartsson, Andreas
AU  - Daub, Carsten O
AU  - Heutink, Peter
AU  - Hume, David A
AU  - Jensen, Torben Heick
AU  - Suzuki, Harukazu
AU  - Hayashizaki, Yoshihide
AU  - Müller, Ferenc
AU  - Forrest, Alistair R R
AU  - Carninci, Piero
AU  - Rehli, Michael
AU  - Sandelin, Albin
AU  - Forrest, Alistair R R
AU  - Kawaji, Hideya
AU  - Rehli, Michael
AU  - Baillie, J Kenneth
AU  - de Hoon, Michiel J L
AU  - Haberle, Vanja
AU  - Lassmann, Timo
AU  - Kulakovskiy, Ivan V
AU  - Lizio, Marina
AU  - Itoh, Masayoshi
AU  - Andersson, Robin
AU  - Mungall, Christoher J
AU  - Meehan, Terrence F
AU  - Schmeier, Sebastian
AU  - Bertin, Nicolas
AU  - Jørgensen, Mette
AU  - Dimont, Emmanuel
AU  - Arner, Erik
AU  - Schmid, Christian
AU  - Schaefer, Ulf
AU  - Medvedeva, Yulia A
AU  - Plessy, Charles
AU  - Vitezic, Morana
AU  - Severin, James
AU  - Semple, Colin A
AU  - Ishizu, Yuri
AU  - Young, Robert S
AU  - Francescatto, Margherita
AU  - Alam, Intikhab
AU  - Albanese, Davide
AU  - Altschuler, Gabriel M
AU  - Arakawa, Takahiro
AU  - Archer, John A C
AU  - Arner, Peter
AU  - Babina, Magda
AU  - Rennie, Sarah
AU  - Balwierz, Piotr J
AU  - Beckhouse, Anthony G
AU  - Pradhan-Bhatt, Swati
AU  - Blake, Judith A
AU  - Blumenthal, Antje
AU  - Bodega, Beatrice
AU  - Bonetti, Alessandro
AU  - Briggs, James
AU  - Brombacher, Frank
AU  - Burroughs, A Maxwell
AU  - Califano, Andrea
AU  - Cannistracti, Carlo V
AU  - Carbajo, Daniel
AU  - Chen, Yun
AU  - Chierici, Marco
AU  - Ciani, Yari
AU  - Clevers, Hans C
AU  - Dalla, Emiliano
AU  - Davis, Carrie A
AU  - Detmar, Michael
AU  - Diehl, Alexander D
AU  - Dohi, Taeko
AU  - Drabløs, Finn
AU  - Edge, Albert S B
AU  - Edinger, Matthias
AU  - Ekwall, Karl
AU  - Endoh, Mitsuhiro
AU  - Enomoto, Hideki
AU  - Fagiolini, Michela
AU  - Fairbairn, Lynsey
AU  - Fang, Hai
AU  - Farach-Carson, Mary C
AU  - Faulkner, Geoffrey J
AU  - Favorov, Alexander V
AU  - Fisher, Malcolm E
AU  - Frith, Martin C
AU  - Fujita, Rie
AU  - Fukuda, Shiro
AU  - Furlanello, Cesare
AU  - Furuno, Masaaki
AU  - Furusawa, Jun-ichi
AU  - Geijtenbeek, Teunis B
AU  - Gibson, Andrew P
AU  - Gingeras, Thomas
AU  - Goldowitz, Daniel
AU  - Gough, Julian
AU  - Guhl, Sven
AU  - Guler, Reto
AU  - Gustincich, Stefano
AU  - Ha, Thomas J
AU  - Hamaguchi, Masahide
AU  - Hara, Mitsuko
AU  - Harbers, Matthias
AU  - Harshbarger, Jayson
AU  - Hasegawa, Akira
AU  - Hasegawa, Yuki
AU  - Hashimoto, Takehiro
AU  - Herlyn, Meenhard
AU  - Hitchens, Kelly J
AU  - Ho Sui, Shannan J
AU  - Hofman, Oliver M
AU  - Hoof, Ilka
AU  - Hori, Fumi
AU  - Huminiecki, Lukasz
AU  - Iida, Kei
AU  - Ikawa, Tomokatsu
AU  - Jankovic, Boris R
AU  - Jia, Hui
AU  - Joshi, Anagha
AU  - Jurman, Giuseppe
AU  - Kaczkowski, Bogumil
AU  - Kai, Chieko
AU  - Kaida, Kaoru
AU  - Kaiho, Ai
AU  - Kajiyama, Kazuhiro
AU  - Kanamori-Katayama, Mutsumi
AU  - Kasianov, Artem S
AU  - Kasukawa, Takeya
AU  - Katayama, Shintaro
AU  - Kato, Sachi
AU  - Kawaguchi, Shuji
AU  - Kawamoto, Hiroshi
AU  - Kawamura, Yuki I
AU  - Kawashima, Tsugumi
AU  - Kempfle, Judith S
AU  - Kenna, Tony J
AU  - Kere, Juha
AU  - Khachigian, Levon M
AU  - Kitamura, Toshio
AU  - Klinken, S Peter
AU  - Knox, Alan J
AU  - Kojima, Miki
AU  - Kojima, Soichi
AU  - Kondo, Naoto
AU  - Koseki, Haruhiko
AU  - Koyasu, Shigeo
AU  - Krampitz, Sarah
AU  - Kubosaki, Atsutaka
AU  - Kwon, Andrew T
AU  - Laros, Jeroen F J
AU  - Lee, Weonju
AU  - Lennartsson, Andreas
AU  - Li, Kang
AU  - Lilje, Berit
AU  - Lipovich, Leonard
AU  - Mackay-Sim, Alan
AU  - Manabe, Ri-ichiroh
AU  - Mar, Jessica C
AU  - Marchand, Benoit
AU  - Mathelier, Anthony
AU  - Mejhert, Niklas
AU  - Meynert, Alison
AU  - Mizuno, Yosuke
AU  - de Lima Morais, David A
AU  - Morikawa, Hiromasa
AU  - Morimoto, Mitsuru
AU  - Moro, Kazuyo
AU  - Motakis, Efthymios
AU  - Motohashi, Hozumi
AU  - Mummery, Christine L
AU  - Murata, Mitsuyoshi
AU  - Nagao-Sato, Sayaka
AU  - Nakachi, Yutaka
AU  - Nakahara, Fumio
AU  - Nakamura, Toshiyuki
AU  - Nakamura, Yukio
AU  - Nakazato, Kenichi
AU  - van Nimwegen, Erik
AU  - Ninomiya, Noriko
AU  - Nishiyori, Hiromi
AU  - Noma, Shohei
AU  - Nozaki, Tadasuke
AU  - Ogishima, Soichi
AU  - Ohkura, Naganari
AU  - Ohmiya, Hiroko
AU  - Ohno, Hiroshi
AU  - Onshima, Mitsuhiro
AU  - Okada-Hatakeyama, Mariko
AU  - Okazaki, Yasushi
AU  - Orlando, Valerie
AU  - Ovchinnikov, Dmitry A
AU  - Pain, Arnab
AU  - Passier, Robert
AU  - Patrikakis, Margaret
AU  - Persson, Helena
AU  - Piazza, Silvano
AU  - Prendergast, James G D
AU  - Rackham, Owen J L
AU  - Ramilowski, Jordan A
AU  - Rashid, Mamoon
AU  - Ravasi, Timothy
AU  - Rizzu, Patrizia
AU  - Roncador, Marco
AU  - Roy, Sugata
AU  - Rye, Morten B
AU  - Saijyo, Eri
AU  - Sajantila, Antti
AU  - Saka, Akiko
AU  - Sakaguchi, Shimon
AU  - Sakai, Mizuho
AU  - Sato, Hiroki
AU  - Satoh, Hironori
AU  - Savvi, Suzana
AU  - Saxena, Alka
AU  - Schneider, Claudio
AU  - Schultes, Erik A
AU  - Schultz-Tanzil, Gudula G
AU  - Schwegmann, Anita
AU  - Sengstag, Thierry
AU  - Sheng, Guojun
AU  - Shimoji, Hisashi
AU  - Shimoni, Yishai
AU  - Shin, Jay W
AU  - Simon, Christophe
AU  - Sugiyama, Daisuke
AU  - Sugiyama, Takaaki
AU  - Suzuki, Masanori
AU  - Suzuki, Naoko
AU  - Swoboda, Rolf K
AU  - 't Hoen, Peter A C
AU  - Tagami, Michihira
AU  - Takahashi, Naoko
AU  - Takai, Jun
AU  - Tanaka, Hiroshi
AU  - Tatsukawa, Hideki
AU  - Tatum, Zuotian
AU  - Thompson, Mark
AU  - Toyoda, Hiroo
AU  - Toyodo, Tetsuro
AU  - Valen, Eivind
AU  - van de Wetering, Marc
AU  - van den Berg, Linda M
AU  - Verardo, Roberto
AU  - Vijayan, Dipti
AU  - Vorontsov, Ilya E
AU  - Wasserman, Wyeth W
AU  - Watanabe, Shoko
AU  - Wells, Christine A
AU  - Winteringham, Louise N
AU  - Wolvetang, Ernst
AU  - Wood, Emily J
AU  - Yamaguchi, Yoko
AU  - Yamamoto, Masayuki
AU  - Yoneda, Misako
AU  - Yonekura, Yohei
AU  - Yoshida, Shigehiro
AU  - Zabierowski, Susan E
AU  - Zhang, Peter G
AU  - Zhao, Xiaobei
AU  - Zucchelli, Silvia
AU  - Summers, Kim M
AU  - Suzuki, Harukazu
AU  - Daub, Carsten O
AU  - Kawai, Jun
AU  - Heutink, Peter
AU  - Hide, Winston
AU  - Freeman, Tom C
AU  - Lenhard, Boris
AU  - Bajic, Vladimir B
AU  - Taylor, Martin S
AU  - Makeev, Vsevolod J
AU  - Sandelin, Allbin
AU  - Hume, David A
AU  - Carninci, Piero
AU  - Hayashizaki, Yoshihide
TI  - An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.
JO  - Nature 
VL  - 507
IS  - 7493
SN  - 1476-4687
CY  - London [u.a.]
PB  - Nature Publ. Group
M1  - DZNE-2021-00605
SP  - 455 - 461
PY  - 2014
AB  - Enhancers control the correct temporal and cell-type-specific activation of gene expression in multicellular eukaryotes. Knowing their properties, regulatory activity and targets is crucial to understand the regulation of differentiation and homeostasis. Here we use the FANTOM5 panel of samples, covering the majority of human tissues and cell types, to produce an atlas of active, in vivo-transcribed enhancers. We show that enhancers share properties with CpG-poor messenger RNA promoters but produce bidirectional, exosome-sensitive, relatively short unspliced RNAs, the generation of which is strongly related to enhancer activity. The atlas is used to compare regulatory programs between different cells at unprecedented depth, to identify disease-associated regulatory single nucleotide polymorphisms, and to classify cell-type-specific and ubiquitous enhancers. We further explore the utility of enhancer redundancy, which explains gene expression strength rather than expression patterns. The online FANTOM5 enhancer atlas represents a unique resource for studies on cell-type-specific enhancers and gene regulation.
KW  - Atlases as Topic
KW  - Cell Line
KW  - Cells, Cultured
KW  - Cluster Analysis
KW  - Enhancer Elements, Genetic: genetics
KW  - Gene Expression Regulation: genetics
KW  - Genetic Predisposition to Disease: genetics
KW  - HeLa Cells
KW  - Humans
KW  - Molecular Sequence Annotation
KW  - Organ Specificity
KW  - Polymorphism, Single Nucleotide: genetics
KW  - Promoter Regions, Genetic: genetics
KW  - RNA, Messenger: biosynthesis
KW  - RNA, Messenger: genetics
KW  - Transcription Initiation Site
KW  - Transcription Initiation, Genetic
KW  - RNA, Messenger (NLM Chemicals)
LB  - PUB:(DE-HGF)16
C6  - pmid:24670763
C2  - pmc:PMC5215096
DO  - DOI:10.1038/nature12787
UR  - https://pub.dzne.de/record/155338
ER  -