Journal Article

DZNE-2021-00605

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.

Andersson, R. ; Gebhard, C. ; Miguel-Escalada, I. ; Hoof, I. ; Bornholdt, J. ; Boyd, M. ; Chen, Y. ; Zhao, X. ; Schmidl, C. ; Suzuki, T. ; Ntini, E. ; Arner, E. ; Valen, E. ; Li, K. ; Schwarzfischer, L. ; Glatz, D. ; Raithel, J. ; Lilje, B. ; Rapin, N. ; Bagger, F. O. ; Jørgensen, M. ; Andersen, P. R. ; Bertin, N. ; Rackham, O. ; Burroughs, A. M. ; Baillie, J. K. ; Ishizu, Y. ; Shimizu, Y. ; Furuhata, E. ; Maeda, S. ; Negishi, Y. ; Mungall, C. J. ; Meehan, T. F. ; Lassmann, T. ; Itoh, M. ; Kawaji, H. ; Kondo, N. ; Kawai, J. ; Lennartsson, A. ; Daub, C. O. ; Heutink, P.Extern* ; Hume, D. A. ; Jensen, T. H. ; Suzuki, H. ; Hayashizaki, Y. ; Müller, F. ; Forrest, A. R. R. ; Carninci, P. ; Rehli, M. ; Sandelin, A. ; Forrest, A. R. R. ; Kawaji, H. ; Rehli, M. ; Baillie, J. K. ; de Hoon, M. J. L. ; Haberle, V. ; Lassmann, T. ; Kulakovskiy, I. V. ; Lizio, M. ; Itoh, M. ; Andersson, R. ; Mungall, C. J. ; Meehan, T. F. ; Schmeier, S. ; Bertin, N. ; Jørgensen, M. ; Dimont, E. ; Arner, E. ; Schmid, C. ; Schaefer, U. ; Medvedeva, Y. A. ; Plessy, C. ; Vitezic, M. ; Severin, J. ; Semple, C. A. ; Ishizu, Y. ; Young, R. S. ; Francescatto, M.Extern* ; Alam, I. ; Albanese, D. ; Altschuler, G. M. ; Arakawa, T. ; Archer, J. A. C. ; Arner, P. ; Babina, M. ; Rennie, S. ; Balwierz, P. J. ; Beckhouse, A. G. ; Pradhan-Bhatt, S. ; Blake, J. A. ; Blumenthal, A. ; Bodega, B. ; Bonetti, A. ; Briggs, J. ; Brombacher, F. ; Burroughs, A. M. ; Califano, A. ; Cannistracti, C. V. ; Carbajo, D. ; Chen, Y. ; Chierici, M. ; Ciani, Y. ; Clevers, H. C. ; Dalla, E. ; Davis, C. A. ; Detmar, M. ; Diehl, A. D. ; Dohi, T. ; Drabløs, F. ; Edge, A. S. B. ; Edinger, M. ; Ekwall, K. ; Endoh, M. ; Enomoto, H. ; Fagiolini, M. ; Fairbairn, L. ; Fang, H. ; Farach-Carson, M. C. ; Faulkner, G. J. ; Favorov, A. V. ; Fisher, M. E. ; Frith, M. C. ; Fujita, R. ; Fukuda, S. ; Furlanello, C. ; Furuno, M. ; Furusawa, J.-i. ; Geijtenbeek, T. B. ; Gibson, A. P. ; Gingeras, T. ; Goldowitz, D. ; Gough, J. ; Guhl, S. ; Guler, R. ; Gustincich, S. ; Ha, T. J. ; Hamaguchi, M. ; Hara, M. ; Harbers, M. ; Harshbarger, J. ; Hasegawa, A. ; Hasegawa, Y. ; Hashimoto, T. ; Herlyn, M. ; Hitchens, K. J. ; Ho Sui, S. J. ; Hofman, O. M. ; Hoof, I. ; Hori, F. ; Huminiecki, L. ; Iida, K. ; Ikawa, T. ; Jankovic, B. R. ; Jia, H. ; Joshi, A. ; Jurman, G. ; Kaczkowski, B. ; Kai, C. ; Kaida, K. ; Kaiho, A. ; Kajiyama, K. ; Kanamori-Katayama, M. ; Kasianov, A. S. ; Kasukawa, T. ; Katayama, S. ; Kato, S. ; Kawaguchi, S. ; Kawamoto, H. ; Kawamura, Y. I. ; Kawashima, T. ; Kempfle, J. S. ; Kenna, T. J. ; Kere, J. ; Khachigian, L. M. ; Kitamura, T. ; Klinken, S. P. ; Knox, A. J. ; Kojima, M. ; Kojima, S. ; Kondo, N. ; Koseki, H. ; Koyasu, S. ; Krampitz, S. ; Kubosaki, A. ; Kwon, A. T. ; Laros, J. F. J. ; Lee, W. ; Lennartsson, A. ; Li, K. ; Lilje, B. ; Lipovich, L. ; Mackay-Sim, A. ; Manabe, R.-i. ; Mar, J. C. ; Marchand, B. ; Mathelier, A. ; Mejhert, N. ; Meynert, A. ; Mizuno, Y. ; de Lima Morais, D. A. ; Morikawa, H. ; Morimoto, M. ; Moro, K. ; Motakis, E. ; Motohashi, H. ; Mummery, C. L. ; Murata, M. ; Nagao-Sato, S. ; Nakachi, Y. ; Nakahara, F. ; Nakamura, T. ; Nakamura, Y. ; Nakazato, K. ; van Nimwegen, E. ; Ninomiya, N. ; Nishiyori, H. ; Noma, S. ; Nozaki, T. ; Ogishima, S. ; Ohkura, N. ; Ohmiya, H. ; Ohno, H. ; Onshima, M. ; Okada-Hatakeyama, M. ; Okazaki, Y. ; Orlando, V. ; Ovchinnikov, D. A. ; Pain, A. ; Passier, R. ; Patrikakis, M. ; Persson, H. ; Piazza, S. ; Prendergast, J. G. D. ; Rackham, O. J. L. ; Ramilowski, J. A. ; Rashid, M. ; Ravasi, T. ; Rizzu, P.Extern* ; Roncador, M. ; Roy, S. ; Rye, M. B. ; Saijyo, E. ; Sajantila, A. ; Saka, A. ; Sakaguchi, S. ; Sakai, M. ; Sato, H. ; Satoh, H. ; Savvi, S. ; Saxena, A. ; Schneider, C. ; Schultes, E. A. ; Schultz-Tanzil, G. G. ; Schwegmann, A. ; Sengstag, T. ; Sheng, G. ; Shimoji, H. ; Shimoni, Y. ; Shin, J. W. ; Simon, C. ; Sugiyama, D. ; Sugiyama, T. ; Suzuki, M. ; Suzuki, N. ; Swoboda, R. K. ; 't Hoen, P. A. C. ; Tagami, M. ; Takahashi, N. ; Takai, J. ; Tanaka, H. ; Tatsukawa, H. ; Tatum, Z. ; Thompson, M. ; Toyoda, H. ; Toyodo, T. ; Valen, E. ; van de Wetering, M. ; van den Berg, L. M. ; Verardo, R. ; Vijayan, D. ; Vorontsov, I. E. ; Wasserman, W. W. ; Watanabe, S. ; Wells, C. A. ; Winteringham, L. N. ; Wolvetang, E. ; Wood, E. J. ; Yamaguchi, Y. ; Yamamoto, M. ; Yoneda, M. ; Yonekura, Y. ; Yoshida, S. ; Zabierowski, S. E. ; Zhang, P. G. ; Zhao, X. ; Zucchelli, S. ; Summers, K. M. ; Suzuki, H. ; Daub, C. O. ; Kawai, J. ; Heutink, P.Extern* ; Hide, W. ; Freeman, T. C. ; Lenhard, B. ; Bajic, V. B. ; Taylor, M. S. ; Makeev, V. J. ; Sandelin, A. ; Hume, D. A. ; Carninci, P. ; Hayashizaki, Y.

2014
Nature Publ. Group London [u.a.]

This record in other databases:    

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/nature12787

Abstract: Enhancers control the correct temporal and cell-type-specific activation of gene expression in multicellular eukaryotes. Knowing their properties, regulatory activity and targets is crucial to understand the regulation of differentiation and homeostasis. Here we use the FANTOM5 panel of samples, covering the majority of human tissues and cell types, to produce an atlas of active, in vivo-transcribed enhancers. We show that enhancers share properties with CpG-poor messenger RNA promoters but produce bidirectional, exosome-sensitive, relatively short unspliced RNAs, the generation of which is strongly related to enhancer activity. The atlas is used to compare regulatory programs between different cells at unprecedented depth, to identify disease-associated regulatory single nucleotide polymorphisms, and to classify cell-type-specific and ubiquitous enhancers. We further explore the utility of enhancer redundancy, which explains gene expression strength rather than expression patterns. The online FANTOM5 enhancer atlas represents a unique resource for studies on cell-type-specific enhancers and gene regulation.

Keyword(s): Atlases as Topic (MeSH) ; Cell Line (MeSH) ; Cells, Cultured (MeSH) ; Cluster Analysis (MeSH) ; Enhancer Elements, Genetic: genetics (MeSH) ; Gene Expression Regulation: genetics (MeSH) ; Genetic Predisposition to Disease: genetics (MeSH) ; HeLa Cells (MeSH) ; Humans (MeSH) ; Molecular Sequence Annotation (MeSH) ; Organ Specificity (MeSH) ; Polymorphism, Single Nucleotide: genetics (MeSH) ; Promoter Regions, Genetic: genetics (MeSH) ; RNA, Messenger: biosynthesis (MeSH) ; RNA, Messenger: genetics (MeSH) ; Transcription Initiation Site (MeSH) ; Transcription Initiation, Genetic (MeSH) ; RNA, Messenger

---

---

Database coverage:
; BIOSIS Previews ; Biological Abstracts ; Chemical Reactions ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; Ebsco Academic Search ; Essential Science Indicators ; IF >= 40 ; Index Chemicus ; JCR ; Nationallizenz ; SCOPUS ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record

---