Journal Article

DZNE-2021-00717

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Solving patients with rare diseases through programmatic reanalysis of genome-phenome data.

Matalonga, L. ; Hernández-Ferrer, C. ; Piscia, D. ; group, S. S. w. (Collaboration Author) ; Schüle-Freyer, R.Extern* ; Synofzik, M.DZNE* ; Töpf, A. ; Vissers, L. E. L. M. ; de Voer, R. ; DITF-GENTURIS, S.-R. (Collaboration Author) ; DITF-ITHACA, S.-R. (Collaboration Author) ; DITF-euroNMD, S.-R. (Collaboration Author) ; DITF-RND, S.-R. (Collaboration Author) ; Tonda, R. ; Laurie, S. ; Fernandez-Callejo, M. ; Picó, D. ; Garcia-Linares, C. ; Papakonstantinou, A. ; Corvó, A. ; Joshi, R. ; Diez, H. ; Gut, I. ; Hoischen, A. ; Graessner, H. ; Beltran, S. ; Consortia, S.-R. (Collaboration Author) ; Cohen, E. ; Cuesta, I. ; Danis, D. ; Denommé-Pichon, A.-S. ; Duffourd, Y. ; Gilissen, C. ; Johari, M. ; Laurie, S. ; Li, S. ; Matalonga, L. ; Nelson, I. ; Peters, S. ; Paramonov, I. ; Prasanth, S. ; Robinson, P. ; Sablauskas, K. ; Savarese, M. ; Steyaert, W. ; van der Velde, J. K. ; Vitobello, A. ; Aretz, S. ; Capella, G. ; de Voer, R. M. ; Evans, G. ; Pelaez, J. G. ; Holinski-Feder, E. ; Hoogerbrugge, N. ; Laner, A. ; Oliveira, C. ; Rump, A. ; Schröck, E. ; Sommer, A. K. ; Steinke-Lange, V. ; Paske, I. T. ; Tischkowitz, M. ; Valle, L. ; Banka, S. ; Benetti, E. ; Casari, G. ; Ciolfi, A. ; Clayton-Smith, J. ; Dallapiccola, B. ; de Boer, E. ; Denommé-Pichon, A.-S. ; Ellwanger, K. ; Faivre, L. ; Graessner, H. ; Haack, T. B. ; Hammarsjö, A. ; Havlovicova, M. ; Hoischen, A. ; Hugon, A. ; Jackson, A. ; Kleefstra, T. ; Lindstrand, A. ; López-Martín, E. ; Macek, M. ; Morleo, M. ; Nigro, V. ; Nordgren, A. ; Pettersson, M. ; Pinelli, M. ; Pizzi, S. ; Posada, M. ; Radio, F. C. ; Renieri, A. ; Rooryck, C. ; Ryba, L. ; Schwarz, M. ; Tartaglia, M. ; Thauvin, C. ; Torella, A. ; Trimouille, A. ; Verloes, A. ; Vissers, L. ; Vitobello, A. ; Votypka, P. ; Vyshka, K. ; Zurek, B. ; Baets, J. ; Beijer, D. ; Bonne, G. ; Cohen, E. ; Cossins, J. ; Evangelista, T. ; Ferlini, A. ; Hackman, P. ; Hanna, M. G. ; Horvath, R. ; Houlden, H. ; Johari, M. ; Lau, J. ; Lochmüller, H. ; Macken, W. L. ; Musacchia, F. ; Nascimento, A. ; Natera-de Benito, D. ; Nigro, V. ; Piluso, G. ; Pini, V. ; Pitceathly, R. D. S. ; Polavarapu, K. ; Cruz, P. M. R. ; Sarkozy, A. ; Savarese, M. ; Selvatici, R. ; Thompson, R. ; Udd, B. ; Van de Vondel, L. ; Vandrovcova, J. ; Zaharieva, I. ; Baets, J. ; Balicza, P. ; Chinnery, P. ; Dürr, A.Extern* ; Haack, T. ; Hengel, H.Extern* ; Houlden, H. ; Kamsteeg, E.-J. ; Kamsteeg, C. ; Lohmann, K.Extern* ; Macaya, A. ; Marcé-Grau, A. ; Maver, A. ; Molnar, J. ; Münchau, A. ; Peterlin, B. ; Riess, O. ; Schöls, L.Extern* ; Schüle-Freyer, R.Extern* ; Stevanin, G. ; Synofzik, M.Extern* ; Timmerman, V. ; van de Warrenburg, B. ; van Os, N. ; Wayand, M.Extern* ; Wilke, C.Extern* ; Haack, T. B. ; Graessner, H. ; Zurek, B. ; Ellwanger, K. ; Ossowski, S. ; Demidov, G. ; Sturm, M. ; Schulze-Hentrich, J. M. ; Schüle-Freyer, R.Extern* ; Kessler, C.Extern* ; Wayand, M.Extern* ; Schöls, L.Extern* ; Hengel, H.Extern* ; Heutink, P.Extern* ; Brunner, H. ; Scheffer, H. ; Hoogerbrugge, N. ; 't Hoen, P. A. C. ; Steyaert, W. ; Sablauskas, K. ; Kamsteeg, E.-J. ; van de Warrenburg, B. ; Te Paske, I. ; Janssen, E. ; Steehouwer, M. ; Yaldiz, B. ; Brookes, A. J. ; Veal, C. ; Gibson, S. ; Wadsley, M. ; Mehtarizadeh, M. ; Riaz, U. ; Warren, G. ; Dizjikan, F. Y. ; Shorter, T. ; Straub, V. ; Bettolo, C. M. ; Specht, S. ; Clayton-Smith, J. ; Banka, S. ; Alexander, E. ; Jackson, A. ; Faivre, L. ; Thauvin, C. ; Duffourd, Y. ; Tisserant, E. ; Bruel, A.-L. ; Peyron, C. ; Pélissier, A. ; Beltran, S. ; Gut, I. G. ; Laurie, S. ; Piscia, D. ; Matalonga, L. ; Papakonstantinou, A. ; Bullich, G. ; Corvo, A. ; Garcia, C. ; Fernandez-Callejo, M. ; Hernández, C. ; Picó, D. ; Paramonov, I. ; Lochmüller, H. ; Gumus, G. ; Bros-Facer, V. ; Rath, A. ; Hanauer, M. ; Olry, A. ; Lagorce, D. ; Havrylenko, S. ; Izem, K. ; Rigour, F. ; Dürr, A.Extern* ; Davoine, C.-S. ; Guillot-Noel, L. ; Heinzmann, A. ; Coarelli, G. ; Bonne, G. ; Evangelista, T. ; Allamand, V. ; Nelson, I. ; Yaou, R. B. ; Metay, C. ; Eymard, B. ; Cohen, E. ; Atalaia, A. ; Stojkovic, T. ; Macek, M. ; Turnovec, M. ; Thomasová, D. ; Kremliková, R. P. ; Franková, V. ; Havlovicová, M. ; Kremlik, V. ; Parkinson, H. ; Keane, T. ; Spalding, D. ; Senf, A. ; Danis, D. ; Robert, G. ; Costa, A. ; Patch, C. ; Hanna, M. ; Houlden, H. ; Reilly, M. ; Vandrovcova, J. ; Muntoni, F. ; Sarkozy, A. ; Timmerman, V. ; Baets, J. ; Van de Vondel, L. ; Beijer, D. ; de Jonghe, P. ; Banfi, S. ; Torella, A. ; Ferlini, A. ; Selvatici, R. ; Rossi, R. ; Neri, M. ; Aretz, S. ; Spier, I. ; Peters, S. ; Oliveira, C. ; Pelaez, J. G. ; Matos, A. R. ; José, C. S. ; Ferreira, M. ; Gullo, I. ; Fernandes, S. ; Garrido, L. ; Ferreira, P. ; Carneiro, F. ; Swertz, M. A. ; Johansson, L. ; van der Vries, G. ; Neerincx, P. B. ; Roelofs-Prins, D. ; Köhler, S. ; Metcalfe, A. ; Rooryck, C. ; Trimouille, A. ; Castello, R. ; Morleo, M. ; Varavallo, A. ; De la Paz, M. P. ; Sánchez, E. B. ; Martín, E. L. ; Delgado, B. M. ; de la Rosa, F. J. A. G. ; Radio, F. C. ; Tartaglia, M. ; Renieri, A. ; Benetti, E. ; Balicza, P. ; Molnar, M. J. ; Maver, A. ; Peterlin, B. ; Münchau, A. ; Lohmann, K.Extern* ; Herzog, R. ; Pauly, M. ; Macaya, A. ; Marcé-Grau, A. ; Osorio, A. N. ; de Benito, D. N. ; Lochmüller, H. ; Thompson, R. ; Polavarapu, K. ; Beeson, D. ; Cossins, J. ; Cruz, P. M. R. ; Hackman, P. ; Johari, M. ; Savarese, M. ; Udd, B. ; Horvath, R. ; Capella, G. ; Valle, L. ; Holinski-Feder, E. ; Laner, A. ; Steinke-Lange, V. ; Schröck, E. ; Rump, A.

2021
Stockton Press Basingstoke

This record in other databases:    

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41431-021-00852-7

Abstract: Reanalysis of inconclusive exome/genome sequencing data increases the diagnosis yield of patients with rare diseases. However, the cost and efforts required for reanalysis prevent its routine implementation in research and clinical environments. The Solve-RD project aims to reveal the molecular causes underlying undiagnosed rare diseases. One of the goals is to implement innovative approaches to reanalyse the exomes and genomes from thousands of well-studied undiagnosed cases. The raw genomic data is submitted to Solve-RD through the RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform (GPAP) together with standardised phenotypic and pedigree data. We have developed a programmatic workflow to reanalyse genome-phenome data. It uses the RD-Connect GPAP's Application Programming Interface (API) and relies on the big-data technologies upon which the system is built. We have applied the workflow to prioritise rare known pathogenic variants from 4411 undiagnosed cases. The queries returned an average of 1.45 variants per case, which first were evaluated in bulk by a panel of disease experts and afterwards specifically by the submitter of each case. A total of 120 index cases (21.2% of prioritised cases, 2.7% of all exome/genome-negative samples) have already been solved, with others being under investigation. The implementation of solutions as the one described here provide the technical framework to enable periodic case-level data re-evaluation in clinical settings, as recommended by the American College of Medical Genetics.

Keyword(s): Genetic Testing: methods (MeSH) ; Genetic Testing: standards (MeSH) ; Genomics: methods (MeSH) ; Genomics: standards (MeSH) ; Humans (MeSH) ; Pedigree (MeSH) ; Rare Diseases: diagnosis (MeSH) ; Rare Diseases: genetics (MeSH) ; Sensitivity and Specificity (MeSH) ; Software (MeSH)

---

Contributing Institute(s):

1. Parkinson Genetics (AG Gasser 1)
2. Functional Neurogeriatrics (AG Maetzler)

Research Program(s):

1. 353 - Clinical and Health Care Research (POF4-353) (POF4-353)

Appears in the scientific report 2021

---

Database coverage:
; ; ; BIOSIS Previews ; Biological Abstracts ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Life Sciences ; Ebsco Academic Search ; Essential Science Indicators ; IF >= 5 ; JCR ; SCOPUS ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection

---

---

Linked articles:

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Journal Article (Erratum/Correction) Matalonga, L. ; Hernández-Ferrer, C. ; Piscia, D. ; et al
Correction to: Solving patients with rare diseases through programmatic reanalysis of genome-phenome data.
European journal of human genetics 29(9), 1466 - 1469 (2021) [10.1038/s41431-021-00934-6]2021   Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

---